Fandi menyertai Singapore FA pada tahun 1979 dan menjadi pemain tengah secara tetap, menjaringkan empat gol dalam Piala Malaysia musim pertama. Persaraan Arshad Khamis dan Dollah Kassim menggesa Jita Singh, jurulatih Singapore FA yang baru mengambil Fandi sebagai penyerang. Semasa Piala Malaysia musim 1980, Fandi menjaringkan lapan gol termasuk gol kemenangan dalam perlawanan akhir menentang Selangor FA.[17] Beliau disenaraikan untuk Khidmat Negara pada September 1980 dan telah diberikan tugas ringan, seperti mengumpul sampah kem itu, supaya beliau boleh terus bermain untuk Singapore FA. Pada tahun 1981, Fandi memenangi Anugerah Pemain Terbaik FAS untuk membantu Singapore FA layak ke perlawanan akhir Piala Malaysia.[14] Pada tahun berikutnya, Singapore FA tidak bermain dalam Piala Malaysia atas sebab-sebab politik, dan Fandi menjalani pembedahan bahu; beliau tidak dapat bermain bola sepak selama enam minggu dan dibenarkan keluar awal dari Khidmat Negara.[18]

Pada tahun 1980, Selangor FA menjemput Fandi bermain untuk mereka menentang kelab Argentina Boca Juniors dalam perlawanan persahabatan, di mana Fandi menjaringkan gol tunggal untuk Selangor FA; Skornya adalah 2-1. Pada tahun 1982, Fandi menerima tawaran daripada beberapa pasukan Piala Malaysia, pasukan Indonesia, Niac Mitra, kelab Switzerland Young Boys dan Ajax Amsterdam. Selepas percubaan selama tiga minggu, Ajax menawarkan kontrak tiga tahun kepada Fandi, [19] tetapi Fandi sebaliknya menandatangani satu tahun kontrak dengan Niac Mitra, di mana beliau menghabiskan satu musim, membantu mereka berjaya mempertahankan gelaran Liga Galatama mereka dan ketiga - penjaring terbanyak dengan 13 gol. Dalam perlawanan persahabatan antara Niac Mitra dan Arsenal, Fandi menjaringkan gol dalam kemenangan 2-0; Walau bagaimanapun, beliau meninggalkan Niac Mitra kerana larangan Galatama yang mendadak terhadap pemain asing.[20]

Namun pada tahun 1983, Fandi telah kembali juga ke Belanda di mana beliau bermain dengan FC Groningen dari 1983 hingga 1985 dalam liga bolesepak Belanda (Eredivisie). Sebelum kedatangan Fandi, Groningen telah layak untuk bermain di liga Eropah untuk kali pertama dan Fandi telah membantu mereka dalam musim pertama mereka di liga Eropah dengan menjaringkan gol di dalam perlawanan yang berakhir dengan skor 2-0 melawan gergasi bolasepak Itali, Inter Milan.[21][22] Semasa musim 1983-84, Fandi telah menjaringkan 10 gol dalam 29 permainan. Pada musim kedua di kelab yang sama, Fandi telah muncul selama 15 kali dan menjaring 2 gol.[23] Fandi berjaya memikat ramai peminat Groningen dan pada tahun 1999, beliau dipilih sebagai salah satu dari 25 pemain terbaik kelab bolasepak itu. Ini membuatnya layak untuk muncul di Dewan Kemasyhuran kelab itu.[24] Pada tahun 2003, Fandi telah dinamakan salah satu daripada 11 pemain terbaik kelab itu untuk kurun ke-20.[25] Di kelab itu juga, Fandi mendapat nama julukan, "De Parel van Maleisië" atau "Mutiara dari Malaysia".[26]

Walaupun Ajax Amsterdam menawarkan Fandi sebuah tempat di kelab mereka sekali lagi namun beliau tidak menerima tawaran tersebut dan pulang ke Asia pada 1986. Fandi pernah berkata yang beliau menyesali keputusan untuk tidak melanjutkan kerjayanya di Eropah. Nottingham Forest pernah bertanya mengenai kemungkinan beliau berpindah ke kelab itu pada akhir tahun 1990an tetapi akhirnya memutuskan yang beliau terlalu tua.[25] Fandi telah bermain dengan pasukan Kuala Lumpur di Malaysia dari 1986 hingga 1990 membantu mereka menjulang Piala Malaysia sebanyak tiga kali pada tahun 1987, 1988 dan 1989.[27][28] Beliau juga memenangi "Anugerah But Emas Malaysia" pada 1988. Beliau kemudian memasuki pasukan OFI Crete di Greece pada 1990. Namun tempoh kerjayanya dengan kelab itu berakhir setelah beberapa bulan sahaja dan beliau kembali ke Malaysia untuk menganggotai pasukan Pahang pada tahun 1991. Fandi telah membantu pasukan Pahang untuk memenangi Liga Malaysia dan Piala Malaysia pada 1992.

Pada 1993, Fandi pulang ke Singapura untuk bermain dengan pasukan negara dalam Liga Malaysia. Pada tahun itu, Fandi mengalami kekalahannya yang pertama dalam liga ini apabila pasukan Singapura dikalahkan pasukan Kedah dengan skor 2-0. Tetapi pada tahun seterusnya, Fandi berjaya membawa pasukan Singapura memenangi kedua-dua Liga Malaysia dan Piala Malaysia dan berjaya menjaringkan gol dalam pertandingan terakhir dengan mengalahkan pasukan lamanya, Pahang. Pada tahun itu, Singapura mengalahkan Pahang 4-0. Tahun 1994 merupakan tahun terakhir Fandi terlibat dalam liga Malaysia kerana Persatuan Bolasepak Singapura memutuskan untuk menarik diri dari liga tersebut bagi membangunkan liga tempatannya sendiri, S.League.

Pada 1996, liga tempatan Singapura 'S.League' telah dilancarkan dan Fandi menjadi kapten pasukan Geylang United dan membantu pasukannya menjuarai liga tersebut. Kemudiannya beliau telah berpindah ke Kelab Angkatan Bersenjata Singapura (SAFFC) dan membantu mereka meraih gelaran juara pada tahun 1997 dan 1998. Beliau kemudiannya menjadi jurulatih pasukan SAFFC dan membantu mereka menjuarai pertandingan S.League sekali lagi pada tahun 2000. Fandi juga telah membantu pasukan negara memenangi pingat perak di pertandingan di Sukan Asia Tenggara pada tahun 1983, 1985 dan 1989. Malangnya, sumbangan Fandi dalam arena bolasepak Singapura masih belum diiktiraf oleh FIFA yang tidak memasukkan beliau sebagai salah satu ahli Centurion Club Singapura.[29][30]